Trzeci dzień zmagań nie przyniósł zbyt wielu znaczących zmian w czołówce rajdu. Sebastian wyruszał na OSy trzeciego etapu z przewagą nieco ponad 25 sekund nad Finem Marcusem Gronholmem (BP – Ford WRT). Marcus bardzo naciskał, jednak przewaga okazała się być nie do odrobienia i Fin musiał zadowolić się drugim miejscem. Zwycięstwo jednak było blisko, gdyż strata Marcusa do Sebastiana po ponad 3 godzinach ścigania na OSach wyniosła zaledwie 5.6 sekundy (!).
Trzeci na mecie zameldował się kolega z teamu Marcusa Gronholma, Mikko Hirvonen. Po problemach Solberga pierwszego dnia młody Fin jechał zupełnie niezagrożony, gdyż strata czwartego Atkinsona była na tyle duża, że Mikko nie musiał się martwić o stratę pozycji. Jednocześnie nie miał też szans aby dogonić Marcusa. Hirvonen ukończył rajd ze stratą ponad 2 minut 40 sekund do swojego kolegi z zespołu i jednocześnie z przewagą ponad 3:21 nad czwartym Atkinsonem.
Czwarte miejsce przypadło wspomnianemu wcześniej Australijczykowi Chrisowi Atkinsonowi, który mimo drobnych problemów z samochodem osiągał bardzo dobre czasy, co pozwoliło mu wyprzedzić Manfreda Stohla podczas drugiego dnia i powiększyć swoją przewagę podczas dnia trzeciego. Austriak jadący Peugeotem 307 WRC był wyraźnie wolniejszy od Atkinsona i jego strata na mecie rajdu wynosiła ponad 1 minutę.
Doskonale spisał się lokalny kierowca Toshi Arai, który po wieloletniej przerwie po raz pierwszy zasiadł za kierownicą samochodu klasy WRC. Notując czasy w pierwszej ósemce zdołał wyprzedzić młdoego Hiszpana Daniela Sordo, który podczas trzeciego dnia nie był w stanie utrzymać tempa i stracił szóste miejsce na rzecz Japończyka.
Jak się później okazało Sordo został wykluczony po incydencie na przedostatnim stage`u. Dani Sordo musiał się zatrzymać z powodu zablokowanej drogi przez Luisa Pereza-Companc. Hiszpan dyskutował z sędziami sugerując karę dla Companca za blokowanie drogi. Jednak sędziowie nie przyznali takowej, co więcej śledząc zapisy kamer z samochodu Sordo (tzw. on-board cameras) zauważyli, że po całym incydencie Hiszpan nie zapiął pasów i przejechał tak resztę OSa. Zachowanie takie jest niezgodne z przepisami i sędziowie byli zmuszeni wykluczyć Sordo z rajdu.
Można by rzec „jak zwykle” z kłopotami zmagał się były Mistrz Świata Petter Solberg. Norweg wiekszość OSów pokonywał bez hamulców, co uniemożliwiło mu zrealizowanie swojego celu, czyli ukończenia rajdu na podium. Z drugiej strony gdy samochód nie szwankował, Norweg osiągał bardzo dobre czasy w okolicach pierwszej trójki. Inżynierowie z Subaru World Rally Team muszą chyba popracować nad awaryjnością ich rajdówki, gdyż głównie przez problemy z samochodem Petter nie osiąga w tym sezonie zbyt dobrych wyników. Mr. Hollywood zalediwe dwa razy ukończył rajd na podium, a jak na ubiegłorocznego Wicemistrza Świata to niewiele. Po wykluczeniu Sordo Solberg znalazł się ostatecznie na 7 pozycji.
Nieźle spisał się polski kierowca Leszek Kuzaj jadący N-grupową Subaru Imprezą STI. Leszek podczas całego rajdu zmagał się zarówno z kłopotami z samochodem jak i zdrowotnymi. Podczas drugiego dnia polska załoga złapała kapcia, tracąc wiele sekund, a podczas całego rajdu zarówno Leszkowi jak i jego pilotowi Maćkowi Szczepaniakowi towarzyszyła gorączka. Mimo to Kuzaj zdołał ukończyc rajd na 17 pozycji i zdobyć kilka cennych punktów w klasyfikacji PCWRC za zajęcie 5. miejsca w swojej klasie. Polak w klasyfikacji generalnej samochodów seryjnych jest na doskonałej 3 pozycji, wyprzedzając m.in. utytułowanego Japończyka Toshiego Arai.
Wyniki Rajdu Japonii, 11 eliminacji WRC 2006:
1. S. Loeb / D. Elena (Citroen Xsara WRC) 3:21:09.2
2. M. Gronholm / T. Rautiainen (Ford Focus WRC) +5.4
3. M. Hirvonen / J. Lehtinen (Ford Focus WRC) +2:46.7
4. C. Atkinson / G. MacNeall (Subaru Impreza WRC) +6:06.6
5. M. Stohl / I. Minor (Peugeot 307 WRC) +7:08.9
6. T. Arai / T. Sircombe (Subaru Impreza WRC) +9:02.5
7. P. Solberg / P. Mills (Subaru Impreza WRC) +11:42.4
8. F. Nutahara / D. Barritt (Mitsubishi Lancer Evo IX) +22:57.4
….
17.L. Kuzaj / M. Szczepaniak (Subaru Impreza STI) +34:17.3
