GP Japonii na torze Suzuka zakończone. Zespół Ferrari startujący z pierwszego rzędu był pretendentem do „zagarnięcia” kompletu punktów i objęcia prowadzenia w klasyfikacji generalnej konstruktorów. Michael Schumacher miał natomiast w walce na torze minimalnie zwiększyć przewagę punktową nad Fernando Alonso i jeszcze bardziej zbliżyć się do tytułu Mistrza Świata Formuły 1 sezonu 2006. Realizacja tego planu przebiegała całkiem pomyślnie aż do 36 okrążenia, kiedy to awaria silnika w bolidzie Schumachera rozwiała marzenia o ósmym tytule MŚ.
Start wyścigu przebiegł pomyślnie – bez żadnych stłuczek i wypadków. Alonso po chwili przebił się na 4 pozycję przed Trulliego. Schumacher kontrolował wyścig jadąc na pierwszej pozychji od 3 okrążenia, kiedy to wyprzedził kolegę z zespołu – Felipe Masse. Za nim znajdował się R. Schumacher. Po przyblokowaniu w boksach przez Heidfelda, Massa musiał ustąpić miejsca Alonso, który był już za Schumacherem.
Wszyscy oczekiwali na bezpośrednią walkę na torze pomiędzy tymi dwoma kierowcami. Stało się jednak inaczej i na 36 okrążeniu z czerwonego bolidu zaczął wydobywać się dym. Schumacher był zmuszony zjechać na pobocze, a awaria silnika zakończyła wyścig dla 7-krotnego Mistrza Świata. Alonso objął prowadzenie i dowiózł je do samej mety. Za nim utrzymał swoją pozycję Felipe Massa przywożąc na metę 8 punktów. Trzecie miejsce na podium zajął również kierowca Renault – Fisichella.
Kimi Raikkonen startujący z 11 pozycji ukończył wyścig na 5 miejscu, ok. 10 sekund za Jensonem Buttonem w Hondzie. Kierowcy zespołu Toyota – R. Schumacher i Jarno Trulli, startujący z 2 rzędu, powoli tracili pozycje na rzecz innych kierowców, w rezultacie dojeżdżając kolejno na 7 i 6 miejscu, przywożąc cenne punkty dla zespołu, który zbliżył się do BMW Sauber w klasyfikacji generalnej. Nick Heidfeld wywalczył 1 punkt przyjeżdżając na 8 miejscu. Robert Kubica dostał przez radio pozwolenie od zespołu na podjęcie walki z kolegą z zespołu o ostatnie, punktowane miejsce. Pomimo usilnych starań, Heidfeld okazał się jednak nieco szybszy i nasz rodak dojechał na 9 miejscu.